<CHAPTER ID="Bio ">
<!-- <TITLE>BioInformatics and  openMosix</TITLE> -->
<TITLE>バイオインフォマテックス と openMosix</TITLE>
<!-- <SECT1><TITLE>Introduction</TITLE> -->
<SECT1><TITLE>はじめに</TITLE>
<PARA>
<indexterm><primary>blast</primary></indexterm>
</PARA>
</SECT1>
<sect1><title>Blast</title>
<para>
<!--
One of the more frequent used application in this field is Blast, 
-->
この分野で始終利用するアプリケーションに Blast があります。

<ulink url="http://stl.bioinformatics.med.umich.edu/software/OM_BLAST_patch/openmosixpatch.html">
<!--
<citetitle>Blast has a patch available that makes it work smoother 
</citetitle></ulink>

with openMosix, but that's not the only alternative.
-->
<citetitle>Blast が支障なく動作するためにパッチが用意されています。
</citetitle></ulink>
しかしそれだけが支障なく動く手段ではありません。
</para>
<!--
<para>First of all there are some known problems with this patch,  and other 
versions of blast , blast tends to segfault sometimes, this mostly happens 
with the preformatted databases you download from the internet. 
If you run formatdb on a raw database these errors tend to go away.
-->
<para>まずこのパッチには既知の問題があります。また Blast のバージョンに
よっては、segmentation fault が起こることがあります。この現象はたいてい
の場合、インターネットからダウンロードしてきた作成済みデータベースに起因
しています。
未処理のデータベースに対して formatdb をかけると、エラーが解消される場合
があります。
</para>
<!--
<para>Next to the openMosix blast patch a lot of people run <ulink 
url="http://mpiblast.lanl.gov/"><citetitle>MPIBlast</citetitle></ulink>
Given the fact that openMosix tends to speed up MPI, adding openMosix to this 
config might even give you more power for your money, however we will have to 
do some extra research to be able to confirm this.
-->
<para>blast パッチの次は、たくさんの方々が利用している 
<ulink url="http://mpiblast.lanl.gov/"><citetitle>MPIBlast</citetitle></ulink>
です。openMosix が MPI を高速化する傾向にある、という事実があります。openMosix 
にこの設定を入れると、素晴らしい結果になるかもしれません。しかしこの事実を
確認するには、さらに調査をする必要があります。
</para>
 </sect1>
<!-- ClustalW, Fasta  ...etc -->
</CHAPTER>
